Е.К. Мархинин родился 26 сентября 1926 г. в г. Ростове-на-Дону в семье военного. Его отец, Константин Иванович Мархинин, был родом из сибирских казаков.

Евгений Константинович был участником Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. В 1943 г. он был призван в армию и направлен в самоходно-артиллерийские части. В 1944 г. получил очень тяжелое пулевое ранение в шею, полгода провел в госпиталях. В начале 1945 г. был комиссован и уволен из армии как инвалид Великой Отечественной войны.

В сентябре 1945 г. Евгений Мархинин поступил в Московский геолого-разведочный институт, который окончил в 1951 г. В 1951-1954 гг. разведывал угольные месторождения в Средней Азии, работая инженером-геологом в системе треста "Средазуглегеологня" Министерства угольной промышленности СССР. С 1954 г. работал в Лаборатории вулканологии АН СССР: аспирант, младший научный сотрудник, начальник Камчатской вулканологической станции им Ф.Ю. Левинсона-Лессинга (1958-1962 гг.). С 1962 по 1971 гг. — в Институте вулканологии АН СССР: старший научный сотрудник, заведующий музеем, заведующий лабораторией. С 1971 по 1974 гг. — заведующий отделом геологии и лабораторией вулканологии Сахалинского комплексного НИИ ДВНЦ АН СССР. С 1974 по 1991 гг. — заведующий лабораторией в Институте вулканологии ДВО АН СССР. С 1991 по 1993 гг. — заведующий лабораторией Научно-исследовательского геотехнологического центра ДВО РАН (НИГТЦ) ДВО РАН. С 1993 г. — главный научный сотрудник НИГТЦ ДВО РАН.

В 1993 г. по рекомендации врачей Е.К. Мархинин переехал на берег Черного моря в солнечный Туапсе, но и там продолжал вести активную жизнь. Он был главным организатором семи туапсинских международных конференций "Вулканизм, биосфера, экология". Е.К Мархинин проявил себя и как писатель, поэт — он был членом Союза российских писателей, лауреатом престижной литературной премии имени Е.Ф. Степановой, был членом Русского географического общества. Он являлся председателем Туапсинской городской общественной организации ученых "Туапсинский общественный университет", вел немалую лекционную научно-просветительскую работу.

В 2002 и в 2005 гг. Е. Мархинин прилетал на Камчатку по приглашению Института вулканологии и сейсмологии ДВО РАН, участвовал в работе юбилейных ученых советов института, посвященных празднованию 70-летия Камчатской вулканостанции и 30-летию Большого Трещинного Толбачинского извержения (БТТИ).

Е.К. Мархинин автор теории вулканического образования земной коры, гидросферы, атмосферы и биосферы, основатель биовулканологии — нового научного направления на грани вулканологии и биологии, автор более 300 научных публикаций, в том числе 15 книг и монографий, среди которых: "Роль вулканизма в формировании земной коры" (1967 г.), "Вулканы и жизнь" (1980 г.), "Вулканизм" (1985 г.), "Жизнь вулканов" (1988 г.) и другие. Он был романтиком вулканологии, который всю свою жизнь посвятил прекрасному делу изучения вулканов, и им же, вулканам, посвятил множество великолепных стихов.

Е.К. Мархининым изучены десятки вулканов, вулканических извержений и их последствий, разработана методика определения количества газовых компонентов, участвующих в вулканических взрывах, созданы карты опасных зон для вулканов Камчатки и Курильских островов, описаны гидротермы Курильских островов, разработана теория вулканического образования земной коры, гидросферы и атмосферы, обнаружено явление синтеза сложных, биологически важных органических соединений в вулканических процессах, показана важная роль вулканизма в возникновении жизни… Этот список можно продолжать и продолжать...

Евгений Константинович Мархинин был выдающимся вулканологом, поэтом и просто замечательным человеком. Свою последнюю книгу стихов Евгений Константинович Мархинин назвал «Что есть Бог?», ответ на который каждый из нас получит в отведённое ему время...

14 октября 2021 г. в Туапсе на фасаде дома на улице Карла Маркса, где до последних своих дней жил и работал ученый, торжественно разместили мемориальную доску в его честь. С инициативой установить памятный знак известному ученыму – члену Русского географического общества выступило Туапсинское районное отделение РГО.